Resultados y clasificación

Tras caer eliminado en la Copa del Rey ante el Toledo el Granada C.F. pasó a la Copa Federación (RFEF) enfrentándose al Cádiz tras determinarlo así el sorteo celebrado en Las Rozas (Madrid) el martes 4 de noviembre de 2008. Los posibles rivales eran Cádiz, San Fernando, Ceuta, el vencedor del Atlético Granadilla-Laguna y el vencedor del Rayo Vallecano B-Ciempozuelos después de establecerse así por proximidad geográfica, siendo el azar el que decidió que fuera el equipo gaditano el rival. Tras una fase autonómica de la competición y una eliminatoria previa hay 32 equipos que optan al trofeo y por tanto la primera ronda a disputar son los dieciseisavos de final, que se juegan a doble partido.

Dieciseisavos de final

4 de diciembre de 2008  20:45
Partido de ida
10 de diciembre de 2008  20:45
Partido de vuelta
El Granada C.F. pasa a octavos de final de la Copa Federación.

El sorteo de los octavos de final celebrado en la sede de la RFEF el jueves 18 de diciembre de 2008 permitió que se determinara entre los posibles rivales, Real Jaén, Ceuta o U.D. Badajoz, que sea este último equipo el rival contra el que se jugará el jueves 8 de enero de 2009, la ida, y el jueves 22 de enero de 2009, la vuelta.

Octavos de final

7 de enero de 2009  20:45
Partido de ida
21 de enero de 2009  20:30
Partido de vuelta
El Granada C.F. pasa a cuartos de final de la Copa Federación.

El sorteo de los cuartos de final celebrado en la sede de la RFEF el viernes 23 de enero de 2009 permitió que se determinara entre los posibles rivales, Espanyol B, Rayo Vallecano B o Real Jaén, que sea este último equipo el rival contra el que se jugará el jueves 5 de febrero de 2009, la ida, y el jueves 12 de febrero de 2009, la vuelta.

Cuartos de final

4 de febrero de 2009  21:00
Partido de ida
12 de febrero de 2009  20:45
Partido de vuelta
El Granada C.F. eliminado de la Copa Federación.